2ª Lista de Exercícios - Bioquímica UC8209: Proteínas

2ª Lista de exercícios Bioquímica UC8209 Parte I Proteínas 1 Lehninger pág 154 A bactéria anaeróbia altamente patogênica Clostridium perfringens é responsável pela gangrena gasosa condição na qual o tecido animal tem sua estrutura destruída Essa bactéria secreta uma enzima que catalisa de maneira eficiente a hidrólise das ligações peptídicas indicadas em vermelho XGlyProY XCOO GlyProY em que X e Y são quaisquer um dos 20 aminoácidos comuns Como a secreção dessa enzima contribui para a invasão desta bactéria em tecidos humanos Por que essa enzima não afeta a própria bactéria 2 Lehninger pág 155 Qual dos seguintes peptídeos é mais propenso a assumir uma estrutura αhelicoidal Por quê a LKAENDEAARAMSEA b CRAGGFPWDQPGTSN 3 Abaixo está a imagem da hemocianína 1JS8 É uma globina com função de transporte de O2 cujo sítio possui dois íons Cu2 Esta proteína é a responsável pelo transporte de oxigênio em moluscos da espécie Enteroctopus dofleini Polvo gigante do pacífico Em verde são estruturas não repetitivas em azul são as folhas βpregueadas e em vermelho são as αhélices E estrutura primária da mesma encontrase abaixo AIIRKNVNSLTPSDIKELRDAMAKVQADTSDNGYQKIASYHGIPLSCHYENGTAYACCQHGMVTFPNWHR LLTKQMEDALVAKGSHVGIPYWDWTTTFANLPVLVTEEKDNSFHHAHIDVANTDTTRSPRAQLFDDPDKG DKSFFYRQIALALEQTDFCDFEIQFEIGHNAIHSWVGGSSPYGMSTLHYTSYDPLFYLHHSNTDRIWSVW QALQKYRGLPYNTANCEINKLVKPLKPFNLDTNPNAVTKAHSTGATSFDYHKLGYDYDNLNFHGMTIPEL EEHLKEIQHEDRVFAGFLLRTIGQSADVNFDVCTKDGECTFGGTFCILGGEHEMFWAFDRLFKYDITTSL KHLRLDAHDDFDIKVTIKGIDGHVLSNKYLSPPTVFLAPAKTTH Sobre ela responda a Sabendo que a massa molecular desta proteína é 92292544 uma qual é a massa dela em kDa b Observando a primeira imagem da proteína quantas subunidades a compõe c Tratase de uma proteína conjugada ou não conjugada d Há três pontes de dissulfeto nesta proteína conectando os resíduos 47 a 57 159 a 226 e 313 a 319 Localize estas histidinas na estrutura primária e Descreva o tipo de motivo nos destaques abaixo são todos do mesmo local da proteína f Observe abaixo a estrutura do sítio ativo da 1JS8 Nela há o destaque para a interação entre a arginina e o aspartato uma de cada subunidade Sabendo que esses resíduos se encontram na hélice D 64 a 83 as subunidades podem ser iguais ou são obrigatoriamente diferentes neste caso a sequência será de apenas uma subunidade g Em relação ao sítio ativo os resíduos que se ligam aos cátions metálicos encontramse nas posições 41 60 69 169 173 e 200 Identifique esses aminoácidos h Os resíduos 306314 e 319327 adotam a conformação β Classifique o tipo de volta curva entre estes resíduos As cadeias se encontram paralelas ou anti paralelas i Em relação ao item anterior deve haver protuberância nessa folha βpregueada Justifique j Ainda em relação à folha β dos itens h e i desenhe explicitamente esses resíduos mostrando as cadeias laterais