Lista - Aminoácidos Peptídeos e Proteínas 2023 1

LISTA DE EXERCÍCIOS Aminoácidos peptídeos e proteínas 1 Todos os aminoácidos L têm uma configuração absoluta S exceto a Lcisteína que tem a configuração R Explique por que é atribuída a Lcisteína a configuração R 2 A absorção de luz ultravioleta UV por exemplo a absorvância em 280 nm é frequentemente utilizada para medir a concentração de proteínas Quais cadeias laterais de resíduos de aminoácidos contribuiriam para a absorção da luz em 280 nm 3 Desenhe uma curva de titulação apropriada para o ácido aspártico Coloque as legendas de cada eixo e indique os pontos de equivalência baseado nos valores de pKa 4 Calcule a concentração de todas as espécies iônicas nos pHs 20 64 e 93 para uma solução de histidina 025 M 5 Traduza a seguinte sequência de aminoácidos para códigos com uma letra MetIleAsn AlaSerGlyGluArgAlaIleSerMetIleAsnHisAlaTerGluArgArgAla 6 Para o peptídeo AlaArgLisAlaAsnSerAlaSer qual é carga predita nos pHs 1 7 e 13 7 Proteínas que se estendem de um lado ao outro de membranas biológicas geralmente contem hélices Sabendo que os interiores das membranas são muito hidrófobos preveja quais tipos de aminoácidos estariam em tal hélice Por que uma hélice é particularmente adequada para existir no ambiente hidrofóbico do interior de uma membrana 8 Identifique os grupamentos em uma proteína que podem formar ligações de hidrogênio ou interações eletrostáticas com a cadeia lateral da arginina em pH 7 9 A poliLleucina em um solvente orgânico como o dioxano assume a conformação de hélice mas a poliLisoleucina não Por que esses aminoácidos com os mesmos números e tipos de átomos têm diferentes tendências de formação de hélice 10 Defina estrutura primária secundária terciária e quaternária 11 Quais são as diferenças fundamentais entre a hélice e a folha com relação ao arranjo estrutural e o modo com que realizam as ligações de hidrogênio 12 O aminoácido prolina é dificilmente observado em hélices mas é frequentemente achado em folhas Discuta os aspectos físicoquímicos dessa observação 13 A hidrazina H2NNH2 tem sido utilizada para clivar ligações peptídicas em proteínas Quais são os produtos dessa reação Como esta técnica poderia ser usada para identificar o aminoácido carboxiterminal 14 As mobilidades eletroforéticas relativas de uma proteína de 30 kDa e uma de 92 kDa usadas como padrões em um gel de poliacrilamidaSDS são 080 e 041 respectivamente Qual é a massa aparente de uma proteína com uma mobilidade de 062 neste gel 15 Uma proteína foi purificada até a homogeneidade A determinação do peso molecular por cromatografia de exclusão molecular dá um pico de 60 kDa A cromatografia na presença de uréia 6 M mostra uma forma de 30 kDa Quando a cromatografia é repetida na presença de uréia 6 M e mercaptoetanol 10 mM o resultado é apena um pico de 15 kDa Descreva a estrutura da proteína 16 a Medidas de RMN mostraram que a poliLlisina é uma cadeia aleatória em pH 7 mas se torna uma hélice quando o pH é elevado acima de 10 Explique esta transição conformacional dependente de pH b Preveja a influência do pH na transição hélice aleatória do poliLglutamato 17 Qual seria o efeito aumento ou diminuição no valor de pKa de um resíduo de ácido aspártico Asp sob as seguintes circunstâncias Justifique sua resposta a A cadeia lateral do resíduo Asp está próxima da cadeia lateral de uma Lis protonada b A cadeia lateral do resíduo Asp está próxima do grupo COO c A cadeia lateral do resíduo Asp está situada em uma região hidrofóbica 18 Qual seria o efeito aumento ou diminuição no valor de pKa da cadeia lateral dos seguintes resíduos a ácido aspártico Asp presente na bolsa apolar b ácido glutâmico Glu próximo ao resíduo de histidina His 19 Qual seria o comportamento cromatográfico de uma mistura de peptídeos PARANA MM 59866 MINASGERAIS MM 114830 e SERGIPE MM 78684 sob as seguintes circunstâncias a Coluna de trocaiônica de cátions eluente tampão acetato 001M pH 5 b Coluna de trocaiônica de ânions eluente tampão fosfato 001M pH 63 c Coluna de gelfiltração eluente tampão acetato 001M pH 5 20 Descreva a síntese do dipeptídeo LysAla utilizando o método de Merrifield de síntese em fase sólida Bolsa apolar Asp His Glu